Sebelum dimasyhurkan menjadi Masjid, tempat ini dikenali sebagai Pusat Islam ITM Shah Alam. Menurut Dato' Pengarah ITM Dato' Dr. Mansor Salleh, Pusat Islam ITM Shah Alam telah siap dibina sepenuhnya pada bulan Jun 1992 lagi tetapi diserah milik kepada ITM hanya pada 25 Ogos 1992. Pembinaan awal pusat ini telah bermula pada Disember 1988 oleh salah sebuah syarikat kontraktor tetapi hanya dapat menyiapkan setakat 77.6% sahaja hingga Julai 1991 walaupun telah diberi lanjutan masa selama 65 minggu. Sehubungan itu, pada bulan November 1991 sebuah lagi syarikat kontraktor yang lain telah dilantik untuk meneruskan kerja-kerja pembinaan dan dalam tempoh 30 minggu, bangunan Pusat Islam telah siap dibina sepenuhnya.
Bangunan Pusat Islam ini telah menelan belanja sebanyak RM5.7 juta di mana sebahagian daripada jumlah itu adalah hasil sumbangan masyarakat kampus. lanya tersergam indah di atas bukit dengan keluasan lantai 10,096 meter persegi dan boleh menampung seramai 7,000 orang jemaah pada satu masa. Seramai 5,000 orang dapat memenuhi ruang tertutup yang dihampar permaidani manakala 2,000 lagi di ruang terbuka yang dikemasi dengan jubin yang berkilauan. Manakala di kiri dan kanan dewan solat terdapat satu tingkat mezanin untuk kaum wanita dan juga terdapat kemudahan lain seperti bilik wudhuk, ruang pejabat, perpustakaan, dewan syarahan, bilik mayat dan ruang-ruang untuk kemudahan umum.
Pusat Islam ITM Shah Alam telah dirasmikan oleh Menteri Pendidikan Malaysia YB Datuk Amar Dr. Sulaiman Hj. Daud pada 11 Mac 1993 dalam satu upacara yang turut disaksikan oleh wakil-wakil dari semua cawangan ITM. Semasa merasmikan bangunan Pusat Islam ini, YB Datuk Amar Dr. Sulaiman Daud berkata, ITM mestilah memanfaatkan pusat ini sesuai dengan matlamat penubuhannya.
Pada 10 Ogos 2010 bersamaan 10 Ramadhan 1432H, Pusat Islam UiTM dengan rasminya dinamakan sebagai Masjid Al-Wathiqu Billah Tuanku Mizan Zainal Abidin oleh Seri Paduka Baginda Yang di-Pertuan Agong yang ke-14 Al-Wathiqu Billah Tuanku Mizan Zainal Abidin Ibni Al-Marhum Sultan Mahmud Al-Muktafi Billah Shah. Masjid ini juga telah didaftarkan dibawah Enakman Pentadbiran Agama Islam Negeri Selangor pada tahun 2003 daripada Jabatan Agama Islam Selangor dengan perkenan oleh Duli Yang Maha Mulia Sultan Selangor, Sultan Sharafuddin Idris Shah Alhaj Ibni Almarhum Sultan Salahuddin Abdul Aziz Shah Alhaj. Masjid UiTM ini telah diurus sekian lamanya oleh Pegawai-Pegawai Hal Ehwal Islam UiTM semenjak tahun 1993 lagi dan sebagai Pusat tanggung jawab dibawah tatakelola Unit Agama dan kini Bahagian Hal Ehwal Islam.
Beberapa program keagamaan berimpak tinggi telah berjaya dilaksanakan sepanjang tempoh ini, dengan matlamat memperkukuh kefahaman agama dan menyuburkan amalan spiritual dalam kalangan warga UiTM. Program-program anjuran Bahagian Hal Ehwal Islam dengan kelulusan dana Tabung Amanah Pusat Islam seperti ceramah perdana, kuliah maghrib, qiamullail, kursus pengurusan jenazah dan sebagainya telah memberi impak positif dalam membentuk jati diri Muslim yang lebih baik. Usaha berterusan dalam menganjurkan program keagamaan ini membuktikan bahawa Bahagian Hal Ehwal Islam komited dalam mendidik dan membimbing warga UiTM dengan menjadikan Masjid UiTM Shah Alam sebagai nadi keimanan universiti.
https://masjiduitm.uitm.edu.my/index.php/perkhidmatan/latar-belakang