Program Farmasi pada mulanya ditawarkan di peringkat Diploma di bawah Fakulti Sains Gunaan, Institut Teknologi MARA (ITM) pada tahun 1996. Program Diploma Farmasi ini boleh dianggap sebagai satu bidang khusus kerana UiTM merupakan satu-satunya institusi di Malaysia yang menawarkan program tersebut.
Fakulti Farmasi UiTM telah ditubuhkan pada 1 Ogos 2001. Kumpulan pertama seramai 29 orang pelajar bagi program Ijazah Sarjana Muda Farmasi (Kepujian) selama empat tahun telah diterima masuk untuk sesi akademik Mei-November 2002. Pada tahun 2003, fakulti mula menawarkan program Sarjana dan Doktor Falsafah (PhD) melalui penyelidikan. Pada Julai 2005, pengambilan pertama pelajar Pra-Farmasi memulakan pengajian di Kampus Shah Alam. Sehingga Januari 2006, jumlah keseluruhan pelajar yang mengikuti program diploma, ijazah dan pascasiswazah ialah seramai 543 orang.
Melalui Pelan Strategik 2006-2015 yang komprehensif merangkumi teras utama fakulti iaitu pengajaran dan pembelajaran, penyelidikan, perundingan serta khidmat sosial. Ia terdiri daripada lima inisiatif strategik iaitu pelajar global, penyelidikan kreatif, etika dan tadbir urus, jaringan universiti-industri serta pengetahuan baharu/masa hadapan.
Bagi melahirkan pelajar bertaraf global, Fakulti telah menyediakan kurikulum komprehensif yang telah diluluskan oleh Kementerian Pengajian Tinggi. Kurikulum Ijazah Sarjana Muda Farmasi (Kepujian) ini turut mendapat sokongan daripada Lembaga Farmasi, Kementerian Kesihatan Malaysia. Pengiktirafan terhadap ijazah ini telah diperoleh daripada Jabatan Perkhidmatan Awam pada November 2005, iaitu sebelum graduasi kohort pertama pada Jun 2006.
Program Diploma Farmasi dianggap unik kerana UiTM adalah satu-satunya institusi yang menawarkannya di Malaysia. Keunikan lain adalah komponen latihan industri yang melibatkan 11 bulan latihan berterusan sepenuh masa di hospital-hospital utama kerajaan di seluruh negara. Program ini juga mencatatkan kadar kebolehpasaran graduan sebanyak 100 peratus. Malah, walaupun program ini telah mendapat pengiktirafan daripada Jabatan Perkhidmatan Awam sejak tahun 1999, majoriti pemegang diploma lebih cenderung untuk bekerja di sektor swasta yang menawarkan permintaan tinggi serta ganjaran yang lebih lumayan.
Pada awal tahun 2004, Fakulti telah menerima pensijilan ISO 9001:2000 daripada Lloyd’s Register of London bagi kualiti dalam pengajaran dan pembelajaran untuk kedua-dua program diploma dan ijazah. Hal ini menjadikan Fakulti sebagai satu-satunya institusi di negara ini yang menawarkan program berasaskan farmasi dengan pengiktirafan antarabangsa.
Fakulti Farmasi telah diterajui barisan profesional yang berjaya membawa kejayaan unggul dari dahulu hingga kini :

| Bil | Nama | Jawatan | Tempoh Perkhidmatan |
| 1 | Profesor Dr. Salmiah Mohd Ali | Dekan | 1 Ogos 2001 – 31 Ogos 2002 |
| 2 | Profesor Dato’ Dr. Abu Bakar Abdul Majeed | Dekan | 1 September 2002 – 30 April 2009 |
| 3 | Profesor Dr. Aishah Adam | Dekan | 1 Mei 2009 – 5 Mei 2019 |
| 4 | Profesor Dr. Mohamed Mansor Manan | Dekan | 16 Ogos 2019 – 14 Jun 2020 |
| 5 | Profesor Madya Dr. Shariza Sahudin | Dekan | 15 Jun 2020 – 31 Julai 2022 |
| 6 | Profesor Dato’ Dr. Abu Bakar Abdul Majeed | Dekan | 1 Ogos 2022 – Sehingga kini |
Sumber : Unit Arkib UiTM Cawangan Selangor